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吉與明智光秀合謀造反，不過秀吉欺騙光秀，於本能寺之變後打倒光秀，原因是秀吉照理說無法以極快的速度由中國地方撤返回京都。後世學者認為由於秀吉正在中國地方與毛利軍作戰，當時聽聞主公信長慘死，於是先與毛利議和，逼城主清水宗治切腹，而後以急行軍的速度趕回京都，與明智光秀決戰於山崎會戰。加上秀吉與光秀曾一起負責防衛京都的職責，關係不淺。他以五天達成從備中高松城至山崎，將近180公里，這種行軍速度，必須在事前有一定程度的準備。而豐臣與毛利的議和原本僵持不下，但在信長死後，談判卻可迅速結束。再加上秀吉遲遲不將城池攻下，反倒持續向信長請求援軍，甚至使信長親身前往戰場。及至明智光秀死亡種種，事情經過僅有豐臣秀吉的單方面說法等。所以，此一假說仍然有一定的根據。

3)朝廷黑幕說