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努爾哈赤特別強調明朝對他有殺父殺祖的深仇大恨，但所謂「為父、祖報仇」，只不過是他起併叛明的藉口。翻查史書，事件發生於三十三年之前，亦即明萬曆十一年，1583年。當時，建州女真最強悍的部落首領是王杲，替明朝監督其他女真部落。但王杲勢力坐大之後，逐漸不聽從明朝遼東總兵官李成梁的號令，於是李成梁在萬曆二年發兵討伐王杲，將王杲擒殺。王杲的兒子阿台率領部屬據守古勒寨，繼續與明朝對抗。古勒寨位於深山密林之中，明軍難以進入，需要熟悉地形的人帶路。萬曆十一年，明軍在建州部圖倫城的城主尼堪外蘭等人帶領下，進攻古勒寨。據明朝官員的記錄，努爾哈赤的祖父叫揚、父親他失，亦為明軍帶路，而叫揚與阿台有姻親關係，所以兩父子先行入城作內應。明軍攻陷古勒寨之後，城內大亂，叫揚、他失父子死於亂軍之中。
努爾哈赤得知父、祖慘死，派人質問明朝遼東官府為什麼殺害其祖、父，明朝官府對誤殺叫揚、他失表示歉意，歸還努爾哈赤祖、父遺體，並賞給努爾哈赤「敕書三十道，馬三十匹，封龍虎將軍，復給都督敕書」，也就是准許努爾哈赤繼承祖父的官職，並賞賜他三十道到遼東貿易的「特許證」及三十匹馬以作補償。努爾哈赤全部接受，而且上書謝恩。當時努爾哈赤已經二十五歲。他不敢將父、祖被殺之仇算在明朝頭上，卻把圖倫城主尼堪外蘭鎖定為殺父仇人，對他展開報復。
所謂「海西女真」，即散居於海西江流域的女真部落。海西江即松花江。海西女真有四大部落，即葉赫部、哈達部、輝發部、烏喇部，其中以葉赫部最強大。葉赫部位於明朝遼東地區的北方，服從明朝命令，獲得明朝大量賞賜，葉赫首領成為海西四部的盟主。
努爾哈赤以復仇為名，起兵攻伐鄰近的部落，幾年之後，已經統一建州女真，實力開始強大。建州西面的海西女真各部落，受到努爾哈赤的威脅而感到不安，萬曆二十一年，即1593年，葉赫首領納林布祿藉口努爾哈赤入侵海西女真土地，集合九部聯軍討伐努爾哈赤，九部即海西女真的葉赫、哈達、輝發、烏喇，蒙古的科爾沁、錫伯、掛爾察，建州女真的朱舍里、訥殷，一共九部。兵力號稱三萬人，分三路大舉進攻努爾哈赤，努爾哈赤沉著應戰，逐個擊破，大敗九部聯軍。這次戰爭，被視為葉赫與建州爭奪領導權的決戰，努爾哈赤戰勝，奠定他統一女真各部的建國大業基礎。這一年，明朝為了救援朝鮮，鬆懈了對女真的監管。
努爾哈赤表面上對明朝恭順，暗中不斷擴張，至明萬曆四十三年，即1615年，努爾哈赤藉口葉赫首領布揚古部原本答允下嫁的妹妹，改嫁蒙古，認為是葉赫部對努爾哈赤的侮辱，發兵攻打葉赫，葉赫大敗。在此之前，努爾哈赤已經兼併哈達、輝發、烏喇三部，葉赫部只能苟延殘喘。